Своєю появою бібліотека зобов’язана засновнику і першому директору інституту академіку Данилі Кириловичу Заболотному. Повернувшись в 1928 році в Україну і будучи обраним Президентом ВУ АН, Д.К.Заболотний здійснив свою давню мрію: створив у Києві в складі ВУ АН Інститут мікробіології та епідеміології, передбачивши в його структурі і наукову бібліотеку. Вже в перші місяці існування інституту було виділено кошти для комплектування бібліотеки та придбання літератури за кордоном. Після смерті Д.К.Заболотного київська частина його особистої бібліотеки стала основою створеної в 1930 році наукової бібліотеки Інституту мікробіології та епідеміології ВУ АН, яку очолила В.Н.Шульц.
В кінці 50-х років література з особистої колекції Д.К.Заболотного була систематизована і переведена в окремий фонд, створена спеціальна картотека з рубриками, що відображають широту інтересів її власника.
З дня заснування бібліотека була розташована в великій красивій залі на вулиці Велика Житомирська. У 1964 році бібліотека разом з інститутом переїхала в нову будівлю на вулиці Aкадеміка Заболотного, де знаходиться до теперішнього часу.
До послуг читачів дві просторих читальних зали на 36 місць з комп’ютером, підключеним до інтернету, кімната видачі літератури і два великих книгосховища.
Основне завдання бібліотеки – кваліфіковане бібліотечно-бібліографічне обслуговування співробітників інституту, вчених та аспірантів, інформування про нові надходження, тематичні добірки літератури, бібліографічні довідки, інформаційне забезпечення наукової тематики. Бібліотечний фонд налічує 121465 примірників українською, російською, а також англійською, німецькою, французькою, польською, чеською та іншими іноземними мовами. З них книг – 25478 примірників, у тому числі 2692 – іноземні. Періодичних видань – 89408 екземплярів, 34214 – іноземні. Нормативні виробничо-практичні видання літератури складають 6579 екземплярів. Обмінний фонд бібліотеки складається з 2826 найменувань.
У бібліотеці існує фонд дисертацій та авторефератів дисертацій. Основна тематика фонду – загальна, промислова, сільськогосподарська, грунтова, медична мікробіологія, вірусологія, біотехнологія, а також література з загальної біології, генетики, сільського господарства, медицини.
Довідково-бібліографічний апарат складається з каталогів (алфавітного та систематичного) основного фонду, дисертацій, авторефератів, видань з особистої бібліотеки Д.К.Заболотного і картотеки.
Серед унікальних видань бібліотеки – щотижнева газета “Врач” (1891 – 1900 ), “Русский врач” (1902-1917), “Больничная газета Боткина” (1900-1903), “Архив биологических наук” (1906 – 1939), “Annales de l` Institut Pasteur “(1892 – 1969),” Journal of bacteriology “(з 1916 ). В бібліотеці зберігається повний комплект “Мікробіологічного журналу», який видається інститутом з 1934 року.
Штат бібліотеки складається з трьох співробітників. Фондами бібліотеки активно користуються не тільки співробітники інституту, але й студенти вищих навчальних закладів біологічного профілю, а також члени біологічної секції Малої академії наук. Бібліотека надає послуги з копіювання документів, направляє літературу по МБА, систематично організовує великі книжково-ілюстративні тематичні виставки та виставки до ювілейних та пам’ятних дат у житті інституту та України.