До сучасної структури Інституту мікробіології і вірусології ім. Д.К. Заболотного НАН України входять 17 наукових відділів, лабораторій і сектор.
До структури Інституту також відносяться адміністративно-господарський підрозділ, наукова бібліотека, редакційно-видавничий відділ, підрозділ поживних середовищ, розплідник, дослідне поле, бухгалтерія, служба охорони праці і ТБ, служба пожежної безпеки, відділ матеріально-технічного постачання, відділ кадрів, спецчастина, штаб цивільної оборони, канцелярія, науковий архів, копіювально-розмножувальне бюро, експлуатаційно-технічний відділ, автотранспортна дільниця, господарська служба.
До Інституту відноситься також меморіальний музей-садиба засновника Інституту, видатного українського вченого-мікробіолога Д.К. Заболотного в с. Заболотне Крижопільського району Вінницької області.